随着经济的发展，经常由于市政工程的需要，在苗木的生长地培土，致使土层加厚，会对原来生长在此处的苗木造成危害。填方过深，苗木表现为苗木势衰弱，生长量减少，沿主干和主枝发出许多萌条，许多小枝死亡，苗木冠变稀，病虫害发生严重等现象。
根区填方过深对苗木造成危害,其原因主要是填充物阻滞了空气与土壤中气体的交换及水的正常运动，根系与根际微生物的功能因窒息而受到干扰；厌 氧细菌的繁衍产生的有毒物质，可能比缺氧窒息所造成的危害更大。此外，填方将苗木根茎部分埋土过深，对苗木生长也不利。由于填方，根系与土壤基本 物质的平衡受到明显的干扰，造成根系死亡，地上部分的症状也变得明显。这些症状可能在一个月内出现，也可能几年之后还不明显。
填方对苗木危害的程度与苗木种、年龄、生长状况、填土质地、深度等因素有关。槭苗木、山毛榉、栎类、鹅掌楸、松苗木和云杉、毛白杨、河北杨、响杨等苗木种填土，生长量就会降低，并永远不能恢复；桦木、山核桃和铁杉等受害较轻；榆苗木、柳苗木、二球悬铃木和刺槐等能发出不定根，受填方影响较小。幼苗木比老苗木，强苗木比弱苗木受害较轻。填充物为疏松多孔的土壤苗木受害小；若为通透性差的黏土则危害最严重，甚至只铺填土就可以造成苗木的严重损害甚至死亡；如果填方土壤中混有石砾会减小对苗木的伤害。此外，填方越深越紧，对苗木的根系干扰越明显，危害越大。在苗木周围长时间难放大量的建筑用沙或土对苗木也有不利影响。
一、填方危害的防治
首先在设计时就要权衡利弊，区分情况，采取不同的处理方法。如果必须在苗木栽植地进行填方，而填土较薄，可在铺填之前，在不伤根或少伤根的情况下疏松土壤、施肥、浇水，使用沙砾、沙或沙壤土进行填充或安装通气设施；如填土很厚，只有将苗木移走。如填方地栽植的是珍贵的、有研究价值或观赏价值极高的古苗木或大苗木，决不能进行移栽，也不能填方，只有更改设计。
关于低洼地填平后种苗木的问题，也应注意，不可随便进行。首先要分析填 土的质地，质地不同对苗木的影响也不同。一般用挖方的土或生活垃圾及建筑垃圾进行填平，因为挖方的土壤大部分为未风化的心土，通气孔隙度很低，通气不良，基本上没有微生物的活动，致使肥力也很低。如果不经过一段时间的 风化而立即种苗木，其结果不是苗木生长不良，就是苗木很快死亡。对这类土质，应放置12年的时间，在其上最好种植紫花苜蓿等绿肥作物，令其尽快进行风化，增加通气孔隙和肥力。如果工期紧，不容时间耽搁，也可采用在其土中掺人一定量的腐殖土、沙子及有机肥或在种植穴内换土等措施。
二、挖方对苗木生长的影响
挖方不会像填方那样给苗木造成灾难性的影响，但也因挖掉含有大量营养物质和微生物的表土层，使大量吸收根群裸露而干枯，表层根系也易受夏季高 温和冬季低温的伤害。根系被切伤和折断以及地下水位提高等都会破坏根系与土壤之间的平衡，降低苗木的稳定性。这种影响对浅根性苗木种更大，有时甚至 会造成苗木死亡。如果挖掉的土层较薄，如几厘米或十几厘米，大多数苗木会 发生适应新条件的变化而受害不明显。如挖掉的土层较厚，就必须采取相应的措施，最大限度地减少挖方对苗木根系的伤害。通常采取移植、根系保湿、施 肥、修剪、留土台等措施。
移栽如果苗木体较小，条件又许可，最好移植到合适的地方栽植。
根系保湿挖方暴露出来和切断的根系应经过消毒涂漆和用泥炭藓或其他保湿材料覆盖，以防根系干枯。 .
施肥在保留的土壤中施入腐叶土、泥炭藓或腐熟的农家肥料等，以改良土壤的结构，提高其保水能力。
修剪在大根被切断或损伤较严重的情况下，应对地上部分进行合理的、适度的修剪，以保持根系吸收与枝叶蒸腾水分相对的平衡。
做土台对于古苗木和较珍贵的苗木，在挖方时应在其干基周围留有一定大小的土台，土台不能太小，如果太小，特别是在取土较深时，不但伤根太多，而且会限制根系生长发育。由于根系分布近苗木者浅，远离苗木者深，因此留的土台最好是内髙外低，还可以修筑成台阶式。土台的周围应砌石头挡墙，以增加其观赏性。